שיעבוד על נכס שנרשם לאחר שיעבוד ראשון, משכנתא בדרגה שנייה נחשבת כבטוח פחות חזקה מזו של השעבוד הראשון הרשומה לטובת גורם אחר. במידה וימומש הנכס סדר קבלת הכספים תהיה שקודם בעל המשכנתא בדרגה הראשונה יקבל את מלוא הסכום לכיסוי החוב הנותר, ורק לאחר מכן יקבל בעל המשכנתא בדרגה השנייה את המגיע לו מהסכום הנותר. רישום משכנתא בדרגה שנייה דורש את הסכמתו של בעל המשכנתא הראשונה וכיום מעטים הבנקים עם בכלל שמוכנים לכך, חשוב לציין שגם בעלי משכנתא בדרגה ראשונה לרוב לא יסכימו שירשמו משכנתא בדרגה שנייה על אותו הנכס